Unter der Stammnummer 4276 wurde der neue Club beim belgischen Fußballverband gemeldet und ging in seiner ersten Saison 1945-46 in der Division II – Provinciale an den Start.

Bereits 1947 wurde am Standort der heutigen T3-Tribüne eine Tribüne mit 450 Sitzplätzen und zusätzlichen Stehplätzen gebaut und eingeweiht.

1957 entstand das Vereinshaus Penalty und 1969 neben dem Penalty am Standort der heutigen T1 eine Stehtribüne für 1500 Zuschauer.

Abgesehen von einem zwischenzeitlichen Abstieg 1949 in die Division II Régionale und 3 Jahren in der Promotion (1951-1952, 1956-57 und 1957-1958) ist die AS Eupen bis zu Beginn der 60er Jahre in der 1. Provinzklasse zuhause.

Seit 1961 spielt die KAS Eupen ununterbrochen in den Nationalklassen. Zunächst in der Promotion (4. Nationalklasse). 1968 bestreitet die AS Eupen vor 7000 Zuschauern in Waremme gegen Witgor Dessel das Entscheidungsspiel um den Meistertitel in der Promotion D und den Aufstieg in die D3. Eupen verliert nach 2 Verlängerungen durch einen unglücklichen Gegentreffer in der 135. Minute mit 1:2.

Die AS Eupen nimmt einen neuen Anlauf, wird in der Saison1968-1969 souverän Meister der Promotion und steigt erstmals in der Vereinsgeschichte auf in die 3. Division. Doch damit nicht genug: Die AS Eupen spielt in der 3. Division nicht wie erwartet gegen den Abstieg sondern um den Aufstieg. Eupen wird Meister der 3. Division und steigt am 10. Mai 1970 erstmals in die 2. Division auf.  Tausende Eupener lieferten der Mannschaft nach dem 2:0-Sieg beim letzten Meisterschaftsspiel in Braschaat bei der Rückkehr mit dem Bus einen begeisterten Empfang auf dem Rathausplatz. Es war die Zeit der Eupener Fußball-Legenden Karl Franssen, Werner Pirard, Günther Brüll, Elmar Keutgen und Hubert Vandormael.

Von 1970 bis 1975 kann die AS Eupen sich in Belgiens zweithöchster Spielklasse halten und hatte im Frühjahr 1974 sogar die Möglichkeit, in die 1. Division aufzusteigen. Da der 3. Tabellenplatz zum Aufstieg in die auf 20 Clubs aufgestockte D1 reichen sollte, hatte die AS Eupen am letzten Spieltag in Lokeren die Chance zum Aufstieg in die höchste Spielklasse. Eupen führte 15 Minuten vor Schluss noch mit 1:0, kassierte jedoch nach einem umstrittenen Handelfmeter das 1:1 und am Ende noch das 1:2. Der Traum von der 1. Division war geplatzt und in der anschließenden Aufstiegsrunde konnte Eupen nicht mehr punkten.

Von 1977 bis 2002 spielt die AS Eupen in der 3. Division oder Promotion und erst 2002 erfolgte der Wiederaufstieg in die 2. Division. Seither spielt die AS Eupen ununterbrochen in einer der beiden höchsten Spielklassen des Landes und damit im Profifußball. In diese Zeit fallen auch der Bau der neuen Haupttribüne T1 mit dem Businessclub (1994), die Umbenennung zur „Allgemeinen Sportvereinigung“ (1980), das 50-jährige Bestehen des Vereins im Jahre 1995 und damit verbunden die Verleihung des Titels als Königlicher Sportverein. So wurde aus der „Alliance Sportive Eupen“ aus den Gründerjahren die „Königliche Allgemeine Sportvereinigung Eupen“, die KAS Eupen.

Regionale Sportgeschichte schreibt die KAS Eupen am 23. Mai 2010. Mit einem 2:1-Erfolg über RAEC Mons wird Eupen am vorletzten Spieltag Sieger der Aufstiegsrunde und schafft erstmals in der Vereinsgeschichte den Aufstieg in die 1. Division.

Um den Normen der Pro League für einen Verein der 1. Liga zu entsprechen, musste das Stadion im Sommer 2010 innerhalb weniger Monate auf eine Kapazität von 8500 Zuschauern vergrößert und komplett modernisiert werden. Am 16. Oktober wird das neue Stadion eröffnet und gegen Sint-Truiden VV feiert die KAS Eupen mit 6:0 den ersten Sieg in der 1. Division. 6000 Zuschauer sorgen für Karnevalsstimmung im neuen Kehrweg-Stadion. Dennoch ist Eupen nach nur einer Saison in der höchsten Spielklasse im Frühjahr 2011 wieder abgestiegen in die 2. Division.

Im Juni 2012 übernimmt die katarische Stiftung Aspire Zone Foundation die KAS Eupen und bietet den afrikanischen Talenten der Aspire Academy Senegals Gelegenheit, nach ihrer Ausbildung in den Profi-Fußball einzusteigen.

2015 steigt die KAS Eupen als Vizemeister der 2. Division auf in die Jupiler Pro League.

Seither hat die KAS Eupen sich im Kreis der 24 belgischen Profi-Vereine etabliert und spielt 2022-2023 zum 7. Mal in Folge in der Belgiens höchster Spielklasse.

Viele junge Profis konnten sich bei der KAS Eupen entwickeln und haben über Eupen den Weg in große Clubs gefunden. Einige der Absolventen der Aspire Academy sind inzwischen Nationalspieler ihrer afrikanischen Heimatländer. Moussa Wague war 2018 nicht nur der 1. WM-Teilnehmer der KAS Eupen sondern mit seinem Treffer zum 2:1 für Senegal gegen Japan der bis dahin jüngste Afrikaner (19 Jahre und 8 Monate), dem bei einer WM ein Tor gelungen ist. Mehrere katarische Nationalspieler haben bei der KAS Eupen gespielt, bevor Katar 2019 erstmals Asienmeister geworden ist.

Im Mai 2019 wird der Eupener Torhüter Hendrik Van Crombrugge kurz vor seinem Wechsel zum RSC Anderlecht als erster Spieler der KAS Eupen in die belgische A-Nationalmannschaft berufen.

In der Saison 2021-2022 schafft die KAS Eupen einen grandiosen Saisonstart und ist nach 10 Spieltagen sogar Tabellenführer der Jupiler Pro League. Ebenfalls in der Saison 2021-2022 erreicht die KAS Eupen zum dritten Mal nach 2017 und 2021 das Halbfinale des nationalen Pokalwettbewerbs.

2022 ist die KAS Eupen seit 20 Jahren ununterbrochen im Profifußball aktiv, davon die letzten 7 Jahre sogar kontinuierlich in der 1. Liga.

Diese seit 2016 laufende stete Zugehörigkeit zur 1. Division hat sich die KAS Eupen Sonntag, dem 11. März 2018 mit dem bislang wohl spektakulärsten Spiel in der Geschichte des Vereins gesichert: Am letzten Spieltag tritt die KAS Eupen im Kehrweg-Stadion gegen Excelsior Mouscron an und muss zum Klassenerhalt ein Tor mehr schießen als der KV Mechelen, der gegen Waasland-Beveren spielte. Mechelen gewann sein Spiel mit 2:0 und in Eupen stand es bis zur 73. Minute noch 0:0. Danach gelingen dem eingewechselten Yuta Toyokawa und Kapitän Luis Garcia noch vier Tore, wobei Toyokawa gleich drei Treffer erzielte. Eupen hatte eine aussichtlose Situation noch einmal umgedreht, das Stadion stand Kopf und das Spiel geht als „Wunder vom Kehrweg“ in die Clubgeschichte ein.

Außergewöhnliche Erfolge für den Verein, der in der kleinsten Stadt aller Erstligaclubs zuhause ist.