Le nouveau club fut inscrit sous le numéro 4276 auprès de la Fédération belge de football et évolua lors de sa première saison 1945-46 en Division II – Provinciale.

Dès 1947, une tribune de 450 places assises et quelques centaines de places debout fut construite et inaugurée à l’emplacement de l’actuelle tribune T3.

En 1957 fut bâti le Café Penalty. En 1969, une tribune debout de 1500 places a été construite à côté Penalty, à l’emplacement de l’actuelle Tribune principale T1.

Hormis une relégation temporaire en 1949 en Division II Régionale et 3 années en Promotion (1951-1952, 1956-57 et 1957-1958), l’AS Eupen évolue jusqu’au début des années 60 en 1ère Provinciale.

Depuis 1961, l’AS Eupen joue sans interruption dans les divisions nationales. D’abord en Promotion (4e division nationale). En 1968, l’AS Eupen dispute devant 7000 spectateurs à Waremme contre Witgor Dessel le match de barrage pour le titre de champion de la Promotion D et la montée en D3. Après 2 prolongations, Eupen s’incline par 1-2 suite à un but encaissé à la 135e minute.

L’AS Eupen prend un nouveau départ, devient de manière convaincante championne de Promotion lors de la saison1968-1969 et accède pour la première fois de son histoire à la 3e Division. Mais ce n’est pas tout : en D3 Eupen ne joue pas contre la descente comme prévu mais bien au contraire pour la montée. Eupen devient champion de la 3e Division et accède le 10 mai 1970 pour la première fois à la 2e Division.  Des centaines d’Eupenois ont offert à l’équipe un accueil enthousiaste sur la Place de l’Hôtel de Ville après la victoire 2-0 au dernier match de championnat à Braschaat lors de leur retour en bus. C’était l’époque des légendes du football eupenois Karl Franssen, Werner Pirard, Günther Brüll, Elmar Keutgen et Hubert Vandormael.

De 1970 à 1975, l’AS Eupen se maintient en D2 et a même la possibilité de monter en Première Division au printemps 1974. Comme la troisième place du classement devait suffire pour accéder à cette D1, élargie à 20 clubs, l’AS Eupen avait l’occasion de monter dans la division supérieure lors du dernier match de championnat à Lokeren. A 15 minutes de la fin, Eupen menait encore 1-0, mais encaissa le 1-1 après un penalty contesté, et finalement encore le 1-2. Le rêve de la 1ère Division s’était envolé car Eupen ne put plus marquer de points lors du tour final qui suivit.

De 1977 à 2002, l’AS Eupen joue soit D3, soit en Promotion et ce n’est qu’en 2002 que l’AS Eupen est remontée en 2e Division. Depuis, l’AS Eupen joue sans interruption dans l’une des deux plus hautes Divisions du pays et fait donc partie des clubs de football professionnels. C’est également à cette époque qu’ont été construits la nouvelle tribune principale T1 avec le Business Club (1994), que le nom du club fut changé en « Allgemeine Sportvereinigung » (1980), que le club a fêté ses 50 ans d’existence en 1995 et que le titre d’Association Sportive « Royale » lui a été décerné. C’est ainsi que l' »Alliance Sportive Eupen » des années de fondation est devenue la « Königliche Allgemeine Sportvereinigung Eupen », la KAS Eupen.

Le 23 mai 2010, la KAS Eupen écrit une page de l’histoire sportive régionale. Grâce à une victoire 2:1 contre le RAEC Mons lors de l’avant-dernière journée du tour final, Eupen décroche la promotion en 1ère Division pour la première fois dans l’histoire du club.

Afin de répondre aux normes de la Pro League pour un club de D1, le stade a dû être agrandi et modernisé en été 2010 pour atteindre une capacité de 8500 places. Le 16 octobre, le nouveau stade est inauguré et c’est contre Sint-Truiden VV que la KAS Eupen fête sa première victoire en D1 avec un score de 6-0. 6000 spectateurs ont créé une ambiance de carnaval dans le nouveau Stade au Kehrweg. Pourtant, après une seule saison dans la plus haute division, Eupen redescend au printemps 2011 en D2.

En juin 2012, la fondation qatarie Aspire Zone Foundation reprend la KAS Eupen et offre aux talents africains de l’Aspire Academy du Sénégal l’opportunité d’intégrer après leur formation le monde du football professionnel à la KAS Eupen.

En 2015, la KAS Eupen, vice-championne de la D2, accède à la Jupiler Pro League.

Depuis, la KAS Eupen s’est établi parmi les 24 clubs professionnels belges et joue en 2022-2023 pour la 7e fois consécutive dans la plus haute ligue du pays.

De nombreux jeunes joueurs professionnels ont pu se développer au sein de la KAS Eupen et ont trouvé via Eupen le chemin vers de grands clubs. Quelques-uns des anciens élèves africains de l’Aspire Academy sont devenus joueurs internationaux de leur pays. En 2018, Moussa Wague n’était pas seulement le 1er participant à la Coupe du monde de la KAS Eupen, mais aussi, avec son but pour le Sénégal contre le Japon (2-1), le plus jeune Africain (19 ans et 8 mois) à avoir réussi à marquer un but lors d’une Coupe du monde. Plusieurs joueurs de l’équipe nationale du Qatar ont joué à la KAS Eupen avant que le Qatar ne devienne champion d’Asie pour la première fois en 2019.

En mai 2019, le gardien de but Hendrik Van Crombrugge est le premier joueur de la KAS Eupen à être sélectionné en équipe nationale A belge, peu avant son départ pour le RSC Anderlecht.

Lors de la saison 2021-2022, la KAS Eupen réalise un début de saison grandiose et est même leader de la Jupiler Pro League après 10 journées de compétition. Toujours lors de la saison 2021-2022, la KAS Eupen atteint pour la troisième fois, après 2017 et 2021, les demi-finales de la Coupe Nationale.

En 2022, la KAS Eupen évolue depuis 20 ans sans interruption dans le football professionnel (D1 ou D2), dont les 7 dernières années même continuellement en 1ère Division.

Cette appartenance continue à la 1ère Division depuis 2016 a été assurée le dimanche 11 mars 2018 avec le match le plus spectaculaire de l’histoire du club: Lors de la dernière journée de championnat, la KAS Eupen affronte l’Excelsior Mouscron au Stade du Kehrweg. Pour se maintenir en D1, Eupen doit gagner et marquer un but de plus que le KV Mechelen, qui a joué contre Waasland-Beveren. Malines a remporté son match 2-0 et à Eupen, le score était encore de 0-0 jusqu’à la 73e minute, avant que Yuta Toyokawa (monté au jeu) et le capitaine Luis Garcia ne marquent quatre buts, dont un triplé de Yuta Toyokawa. Eupen avait renversé une situation désespérée, le stade était en fête et le match est entré dans l’histoire du club comme le « Miracle du Kehrweg ».

Des succès extraordinaires pour le club domicilié dans la plus petite ville de tous les clubs de Première Division.